De bouwwerkzaamheden begonnen op 23 september 1935. De hoofdweg tussen Kralendijk en Rincon kruiste de startbaan in het midden. De bedoeling was om een landingsbaan aan te leggen die 475 meter lang was. Het was niet mogelijk om het langer te maken omdat het oostelijke deel van het land vrij laag was. Het was noodzakelijk om een deel van dit gebied te conditioneren, met name waar het vliegtuig zou landen tijdens het landen en opstijgen. Dit gebied besloeg 100 meter van de landingsbaan die moest worden verhard met gruis en natuursteen van het eiland voor verdichtingsoperaties.
KLM besloot het risico te nemen en op 9 mei 1936 de eerste vlucht naar Bonaire te voltooien. Voor deze proefvlucht werd gekozen voor het vliegtuig Oriol, met de registratie PJ A10, dat een zustervliegtuig was van de Snip. Het luchthavenstation was in dit geval een voertuig van een model dat in die tijd bekend stond als een ‘panel body’. Deze eerste experimentele landing was inderdaad een historisch moment en was zeer succesvol. Daarom nam KLM het besluit om dagen later, op 31 mei 1936, de eerste officiële lijnvlucht met passagiers te maken. In de tweede helft van 1943 arriveerden Amerikaanse soldaten op Bonaire en hun commandant drong aan op de bouw van een nieuw vliegveld. In december 1943 begon de bouw van dit vliegveld in het gebied waar het huidige vliegveld ligt.
TDe nieuwe luchthaven, genaamd “FLAMINGO AIRPORT”, werd operationeel in 1945. Dit was een grote verbetering. Het had een klein terminalgebouw dat perfect geschikt was voor het aantal passagiers in die tijd. Deze luchthaventerminal bleef tot medio 1976 in gebruik.
De bouw van een nieuwe startbaan startte in de laatste maanden van 1953 en werd in 1955 voltooid. Er vond een uitbreiding van het terminalgebouw plaats met een terras waar bagage kon worden afgeleverd. De landingsbaan werd vervolgens een aantal keren verlengd en verbreed. In 1960 had de landingsbaan een lengte van 1430 meter en een breedte van 30 meter. Hotels en geïnteresseerden in het buitenland bleven aandringen op een belangrijke verlenging van de start- en landingsbaan voor chartervluchten uit de VS, die uitgevoerd moesten worden met DC8- en B707-vliegtuigen. In 1970 had de baan een lengte van 1750 meter en een breedte van 30 meter. Daardoor kon een DC9 eindelijk volledig beladen landen en opstijgen.
Op 7 juni 1974 vond de openbare aanbesteding plaats voor de bouw van een nieuw terminalgebouw. Dit gebouw werd in 1976 in gebruik genomen. Ondertussen bleven hotels en buitenlandse investeerders aandringen op de aanleg van een langere landingsbaan. Dit was een harde eis voor de bouw van meer hotels.
In 1980 werd een startbaan met een lengte van 2400 meter en een breedte van 45 meter in gebruik genomen en op 19 april 1980 vond de eerste vlucht Bonaire-Miami plaats. In oktober 2000 werd de baan uitgebreid tot een lengte van 2880 meter. De huidige startbaan is met meer dan 3000 meter lang genoeg om vluchten met het vereiste maximale startgewicht Europa te laten bereiken. In 2002 startte KLM met vluchten naar Peru en later naar Ecuador met een tankstop op Bonaire.
In de afgelopen jaren zijn de faciliteiten van de luchthaven verbeterd en uitgebreid. Er werd een nieuwe vertrekhal gebouwd, samen met een nieuw widebody-platform en een brandstofpark. Tegenwoordig biedt Flamingo International Airport de vereiste diensten als internationale luchthaven en is het een bestemming voor veel toeristische vluchten.
